Construida probablemente sobre la mezquita principal de Marbella. Su advocación se debe a la veneración que los Reyes Católicos sentían sobre el Misterio de la Encarnación.
Se inicia su nueva reforma o una nueva construcción a partir del s.XVI.
La mayoría de mezquitas fueron sustituidas a lo largo del siglo XVI por nuevas iglesias.
Llama la atención por su gran tamaño, lo que facilita imaginar el esfuerzo que tuvieron que hacer sus constructores durante el siglo XVII para su realización.
La estructura del edificio es de planta basilical, con tres naves, una central y dos laterales. La principal se extiende bajo bóveda de medio cañón con lunetos.
El ábside es semicircular con pilastras corintias, y cubierta con bóveda de cuarto de esfera.
Podemos observar en una lápida con su escudo heráldico, que está adosada a la fachada lateral que da a la plaza: “CORDUBA QUEM GENUIT MALACAE DAT AETHERE PRAESUL CONSTRUXIT SUPERIS HOC LUDOVICUS OPUS ANNO MDCXVIII”
"Luis, a quien Córdoba engendró, obispo dado a Málaga por la providencia (lit. por el cielo), construyó para los santos (lit. para los de arriba) esta obra Año 1618"
Esta placa ha servido para fechar la construcción del templo.
Del exterior, la puerta del Sol, o puerta principal, tallada en piedra ocre es de estilo Rococó, obra de la segunda mitad del siglo XVIII.
La puerta que da a la plaza de la Iglesia es más sencilla, adintelada con guardapolvo bajo arco ciego. Destaca en su interior el Órgano del Sol Mayor, de 1975.
Está considerado como el más importante construido en España en el último siglo.
